画像ファイル名は基本「〇〇連番」にしているのですが、ある時から重複するようになってしまいました。
たとえば「z1」の画像をアップロードしていくと通常は「z1」「z1-1」「z1-2」と連番になっていくのですが、全て「z1」になってしまい、元々あった「z1」が上書きされるようになってしまいました。
原因はサムネイルにありました。
あるファイルを削除したら「272×182」のサムネイルだけが残り、そこから上書きが続くようになりました。
このサムネイルを削除したら再び連番でアップロードできるようになりました。
（※しばらくは訳が分からないまま手作業で連番にしていた）
FTPで確認したら他にも幾つかサムネイルが残っていたので、画像を一旦削除してアップロードし直しました。
